La actual configuración del sureste peninsular es resultado de una compleja evolución tectónica en la que podemos distinguir tres fases principales.

La primera fase es compresiva y está vinculada a la orogenia Hercínica, es en la que se origina el Macizo Ibérico. Esta orogenia se desarrolló en varias fases a lo largo de gran parte del Paleozoico medio y superior y fue consecuencia de la colisión de las grandes masas continentales de Euroamérica y Gondwana, dando lugar al supercontinente Pangea.

La segunda fase es distensiva y se dio a lo largo del Mesozoico, en ella se produjo la apertura del océano Atlántico con la consiguiente ruptura de Pangea. Es en esta fase en la que se produjo la formación y relleno de la cuenca del Algarve, que refleja la progresiva apertura del Atlántico a través de sus sedimentos continentales y marinos muy poco deformados.

La tercera y última fase es compresiva y se relaciona con la orogenia Alpina, proceso tectónico a gran escala consecuencia de la colisión de la placa ibérica con la placa euroasiática y africana durante el Cenozoico. Es durante esta fase cuando se levantó la Cordillera Bética y por tanto se produjo la formación y relleno de la cuenca del Guadalquivir. El resto de las cuencas cenozoicas desarrolladas sobre el Macizo Ibérico de la región se desarrollaron en un contexto intraplaca extensivo.

A pesar de su compleja y variable historia tectónica, son escasas las fallas activas documentadas que afloran en estas zonas del Macizo Ibérico, las más destacada son el extremo sur de la falla de desgarre sinestral de Plasencia (FPLA), y la falla en debate de tipo inversa con componente de desgarre dextral de Vidigueira-Moura (FVM). Las fallas activas presentes en las cuencas sedimentarias de la región son las más relevantes, y en su mayoría, presentan tasas de deslizamiento muy bajas (inferiores a 0.02 cm/año). En la cuenca del Algarve las principales son las fallas de desgarre sinestral-inversas de Aljezur-S. Teotónio (FAST) y Carvacai (FC), la falla inversa-dextral de San Marcos-Quarteira (FSMQU) y la falla de desgarre dextral-normal de Estevao (FSE), además, en esta cuenca hay otra serie de fallas cuya traza y actividad está en debate. En la cuenca del Bajo Tajo, en el entorno de la ciudad de Lisboa y formando un lineamiento N-S, también son varias las fallas activas identificadas, las fallas inversas de Ota (FOT), Azambuja (FAZ), Vilafranca de Xira (FVFX) y la zona de falla de Lower Tagus Valley (LTVFZ, en debate), la falla normal de Porto Alto (FPA), y las fallas de desgarre sinestral de Pinhal Novo-Setubal (FPNS) y Lower Tagus Valley (FLTV, en debate). Por último, en la cuenca del Guadalquivir en el entorno de su desembocadura están las fallas normales Torre Carbonero-Marilópez (FTCM), Madre de las Marismas (FMM) y Torre Marilópez (FTM).