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Las características físico-químicas del agua, y en particular su bipolaridad, le permiten ser un eficacísimo disolvente, hasta el punto de hacer que el agua pura no exista en el medio natural. Esta característica, esencial para la vida, se convierte sin embargo en un inconveniente en aquellos lugares en los que la acción humana incorpora sustancias nocivas al agua, produciendo su contaminación.

Las fuentes de contaminación de las aguas continentales son muy diversas, y producen impactos distintos dependiendo de las sustancias vertidas, y del carácter localizado o disperso de su origen.

El índice de calidad general (I.C.G.) asigna un valor de 100 a las aguas con una calidad óptima y de 0 a las pésimas. El valor 60 establece el umbral que separa las aguas de calidad “admisible” de las que presentan cada vez mayores inconvenientes, y no resultan aptas para la mayoría de los usos.

En general, las aguas de mayor calidad se encuentran en las regiones lluviosas de montaña, mientras que las peores corresponden a áreas secas con industria y con una fuerte presión agraria. No obstante, la progresiva aplicación de la normativa europea, que obliga a depurar las aguas residuales y a respetar unos mínimos de calidad, está permitiendo reducir el número de tramos fluviales afectados por contaminación grave o muy grave.