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Para medir la calidad biológica de los ríos se puede recurrir a diversos índices. Los más utilizados son los que tienen en cuenta la presencia de determinadas comunidades biológicas, o la abundancia de organismos característicos de los ecosistemas fluviales (sobre todo insectos, crustáceos, arácnidos o moluscos).

El índice BMWP, uno de los más extendidos, permite clasificar los distintos tramos fluviales en cinco clases dependiendo de su calidad. Estas clases van de mejor a peor situación desde la I (aguas muy limpias o sin alteraciones importantes) a la V (aguas fuertemente contaminadas).

Como puede observarse en el gráfico, en todas las cuencas existen aguas con diversos niveles de calidad. Sin embargo las cuencas “Norte” y “Sur” son las que presentan un mayor porcentaje de aguas de buena calidad (clases I y II), mientras que las cuencas interiores de Cataluña y la del Guadiana son las que presentan esta buena calidad en un menor porcentaje de puntos.

En sentido opuesto, las cuencas del Segura y de Cataluña son las que tienen aguas fuertemente contaminadas en un mayor porcentaje de puntos.