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Su origen está relacionado con la convergencia N-S que, desde el Mioceno hasta la actualidad, se está produciendo por el choque entre las placas africana y euroasiática. Esta compresión formó, en esta zona, un sistema de fracturas a través de las que se emitieron los materiales volcánicos. Las rocas volcánicas más antiguas están en el Alto Empordá (entre 11 y 10 m.a.), mientras que las más recientes (La Garrotas) están datadas entre 350.000 años y 15.000 años. Las erupciones fueron estrombolianas y freatomagmáticas, y dieron lugar a conos volcánicos y coladas, y maares, respectivamente. La composición geoquímica de coladas y piroclastos es basáltica alcalina, y petrológicamente predominan los basaltos y las basanitas.