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En España, uno de los problemas de calidad de las aguas más frecuente es la eutrofización. Ésta puede producirse cuando los vertidos que reciben los ríos aportan una cantidad excesiva de nutrientes como, por ejemplo, el fósforo o el nitrógeno.

El origen de estos nutrientes es diverso: vertidos de las estaciones de depuración de aguas residuales, procesos industriales, escorrentía procedente de zonas agrícolas con exceso de abonado, etc.

La eutrofización favorece una proliferación excesiva de algas unicelulares y plantas flotantes por lo que las aguas pierden toda su transparencia y adquieren un característico color verde. Estos hechos alteran las características físico-químicas del agua, imposibilitan la fotosíntesis bajo la superficie e impiden la existencia numerosas especies. Por eso, la eutrofización produce un aumento de la biomasa en los ecosistemas afectados y genera un fuerte empobrecimiento de su biodiversidad.