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En el año 2006, el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas (CNEA) incluía 603 taxones (grupo de organismos pertenecientes a una misma categoría: especie, género, etc.). Esta cifra implica un incremento del 34,6% respecto al año 1990.

Entre el conjunto de especies reconocidas como amenazadas, la mayor parte pertenece a cuatro grandes grupos: 47% son aves, 23% plantas, 9% mamíferos y 8% reptiles. Sin embargo, no se conoce suficientemente la situación de los invertebrados y plantas inferiores, por lo que es muy probable que las cifras reales sean aún más graves que las reflejadas en ese Catálogo.

Entre las especies más amenazadas, el oso pardo cantábrico, el lince ibérico, el quebrantahuesos, el águila imperial ibérica, el urogallo, el lobo, la malvasía cabeciblanca, el visón europeo y la pardela balear, cuentan con estrategias de conservación y planes de gestión aprobados. En los demás casos, estas estrategias deberán irse diseñando en los próximos años.